Urodził się w 1844 roku w Rocchetta Tanaro w rodzinie chłopskiej. Potem przeniósł się do Asti, by podjąć naukę, a następnie wstąpił do seminarium, porzucając pewien dobrobyt, aby kontynuować swoją dalszą formację w oratorium na Valdocco. Uzyskał uprawnienia do nauczania w szkołach, a zaraz potem przyjął święcenia kapłańskie w Casale Monferrato. Był to rok 1864, a on miał 20 lat. Ksiądz Bosko mianował go nauczycielem w koledżu w Lanzo Torinese, a po siedmiu latach powierzył mu zarządzanie finansami domu w Varazze w Ligurii. W końcu został wybrany jako jeden z członków grupy pierwszych dziesięciu misjonarzy salezjańskich.

Pierwszym punktem misyjnym był port w Buenos Aires, ale obszarem, który najpierw penetrowali przebiegał wzdłuż rzeki Paraná. W odległości 500 kilometrów od stolicy mieściło się miasteczko San Nicolás de los Arroyos, z które właśnie prośbę o otwarcie szkoły dla dzieci hodowców bydła na obszarze zamieszkanym przez rdzennych mieszkańców. Tak więc pojawiło się podwójne wyzwanie: edukacja i ewangelizacja, na które ks. Fagnano, znany już jako „padre José”, odpowiedział z entuzjazmem. Jednak zakażenie tyfusem, które dotknęło go w 1879 roku, zmusiło go do powrotu do bazy w celu leczenia oraz ponownego przemyślenia ducha i metod prowadzenia misji.

Na krańcach Patagonii

W następnym roku został wysłany do Carmen de Patagones, najbardziej na południe wysuniętego miasta prowincji Buenos Aires, oddalonego o 900 km: bramy do Patagonii. Tutaj poświęcił się budowie budynków szkolnych i miejsc kultu. Miejscowa ludność składała się z Indian, potomków afrykańskich niewolników oraz europejskich imigrantów – było to zróżnicowane społeczeństwo borykające się z poważnymi trudnościami różnego rodzaju. Salezjanin założył tam stowarzyszenie wzajemnej pomocy, które realizowało pewien program działań, który bazował na misyjnym duchu współpracy.  wyraźnie podkreślał ducha współpracy misjonarzy.

Po drugiej stronie rzeki Rio Negro leżała Viedma, stolica Patagonii.

Po ugruntowaniu nowej osady misyjnej, aż do 1887 roku ksiądz Fagnano mógł poświęcić się eksploracji nowego regionu. Następnie został przeniesiony do Chile, jakby w poszukiwaniu kolejnej drogi, która miała go doprowadzić na koniec świata.

Osiadł w Punta Arenas. Miasto to, będące pogranicznym ośrodkiem, przypominającym Dziki Zachód, gromadziło kupców z różnych krajów, żeglarzy, odkrywców geograficznych i geologów, przy czym wyraźnie wyodrębniały się dwie grupy: „wizjonerzy” i „poszukiwacze przygód”, rewolucjoniści i reakcjoniści. Udało mu się jakoś utrzymać trudną równowagę polityczną, dzięki czemu “padre José” dołączył zarówno do grup naukowców, jak i żołnierzy: jego celem było sprawdzenie możliwości nawiązania kontaktu z mieszkańcami Wielkiej Wyspy Ziemi Ognistej. Wielkie jezioro, nazywane przez lud Selkman „resztą horyzontu”, nieznane kartografom, zostało nazwane “Fagnano” przez kontradmirała dowodzącego jedną z tych wypraw..

“Padre José” cieszył się opinią niezwykle praktycznego misjonarza: budował kościoły, oratoria, szkoły i koledże. W ciągu trzech lat udało mu się zdobyć zaufanie lokalnych instytucji: prezydent Chile powierzył mu na dwadzieścia lat wyspę Dawson z zamiarem utworzenia tam „rezerwatu” dla ludów Onas, Alacalufes, Yahganes i Tehuelches. Dotarł do celu na szkunie, której nadał imię „Maria Auxiliadora”, na której wcześniej dotarł do najodleglejszych punktów archipelagu. Była to długo wyczekiwana okazja do zbudowania „szczęśliwej wyspy”, modelu pokojowego i prosperującego społeczeństwa. Był to swego rodzaju eksperyment społeczny. Jednak rozprzestrzeniły się tam tyfus, szkarlatyna, gruźlica i ospa.

Prefekt apostolski

Chociaż utopia dotycząca Dawson zakończyła się porzuceniem projektu, idea, która ją inspirowała, dała podwaliny pod inną misję, tym razem realizowaną w argentyńskiej części Ziemi Ognistej, nad Oceanem Atlantyckim. W 1883 roku ks. Fagnano uzyskał prawo do użytkowania rozległego obszaru u ujścia rzeki Rio Grande, również w celu założenia tam modelowego gospodarstwa rolnego, które mogłoby zapewnić pożywienie i schronienie miejscowej ludności, którą generał Roca zdziesiątkował swoją „wojną na pustyni”. Misja, powierzona ks. Giuseppe Marii Beauvoir, została zawierzona Matce Bożej Gromnicznej.

To był rok przełomowy: 2 grudnia 1883 roku ks. Fagnano został mianowany prefektem apostolskim chilijskiej Patagonii, chilijskiego terytorium Magellanes-Punta Arenas, argentyńskiego terytorium Santa Cruz, wysp Malwinskich oraz nieokreślonych dokładniej wysp rozciągających się aż do Cieśniny Magellana. Było to uznanie dla ogromnego dorobku tego salezjanina, który – wbrew swojemu nazwisku, oznaczającemu w języku piemonckim „leniwca” – pracował niesamowicie gorliwie nad zakorzenieniem Kościoła katolickiego na najdalszych krańcach Ameryki Południowej.

Zmarł w Santiago de Chile 18 września 1916 r., ale jego ciało zostało pochowane, zgodnie z życzeniem wspólnoty z Punta Arenas, w katedrze, do której budowy przyczynił się, w mieście, w którym spędził znaczną część swojego dorosłego życia.